למרות שהטיפול הקוגניטיבי התנהגותי (CBT) הוא יעיל מאד במקרים רבים של בעיות והפרעות פסיכולוגיות, לעיתים הפגישות הטיפוליות בלבד לא מצליחות להוריד את עוצמת הלחץ של המטופל. יתכן שעוצמת הלחץ גבוהה מדי, או שהמטופל לא מוכן לחוות לחצים כמו שחווה בעבר ומעדיף להימנע.

מכון CBT מספק גם אפשרות של טיפול תרופתי שניתן על ידי רופא פסיכיאטר אשר מספק יעוץ רפואי ומתן תרופות על פי הצורך על מנת להקל על סימפטומים או על עוצמת הרגשות. על בסיס מחקרים רבים בארה"ב ואירופה, שילוב CBT וטיפול תרופתי הוא הטיפול המומלץ והיעיל ביותר במקרים רבים של הפרעות פסיכולוגיות. המטרה של מכון CBT היא לא לפתח תלות בטיפול התרופתי, ולכן ככל שהמטופל משתפר המטפל עובד בשיתוף עם הפסיכיאטר על מנת להוריד את המינון של התרופות במידה והמקרה מאפשר.

בנוסף לטיפול תרופתי, מכון CBT מספק טיפול קוגניטיבי התנהגותי וגם שירות ליווי צמוד בשטח.